柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。

故事的主人公是喜欢魔法的高中生黒羽快斗，他的父亲是在8年前因事故而死亡的大魔法师·黒羽盗一。某日，他在房间一栋隐秘门中发现传说中的怪盗基德的衣服，于是他打算会见基德。在那里，他遇到了父亲过去的同伴·寺井，并得知父亲就是怪盗基德，而且死因不是事故死而是他杀。于是，快斗为查出杀害父亲的犯人，而自己成为了基德。本作和《名侦探柯南》有不少共通点。例如怪盗基德在两作中均有出现、迷之组织的登场、主人公真正身份不被世人所知，等等，感觉就像是融合了魔法元素的柯南。

某个漆黑之夜，日本警察内部遭间谍侵入。英国的MI6（英国陆军情报六局，即军情六处）、德国的BDN、美国的CIA（美国中央情报局）等各国情报机关，甚至FBI（美国联邦调查局）的机密数据都被窃取。千钧一发之际，安室透率领公安警察（公安调查厅）及时赶到。间谍夺车而逃。安室与其在高速公路上进行了激烈追逐，就在其它车辆也将被牵连其中而酿成惨案的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一的来福枪子弹击中，从公路上坠下。第二天，柯南一行人到东都水族馆游玩。刚刚翻新的水族馆盛况空前。在其特色卖点巨大摩天轮之下，柯南发现了一名独自站在