明宪宗年间，宦官弄权，滥杀贤臣。侠客赵怀安（李连杰饰）在营救忠良行动中，终将恶贯满盈的东厂提督曹少钦一剑毙命，引来西厂督主雨化田（陈坤饰）祭出天下格杀令。赵怀安等人一路亡命到嘉峪关的龙门，消失於铺天盖地的黑沙暴中。尘销风散后，西厂密探、鞑靼商队等江湖各路人马，再度投宿於龙门客栈这家大漠黑店。三年前曾毁於大火的龙门客栈里，当年的风骚老板娘金镶玉早已神秘失踪，只剩逃过火劫的夥计们重起炉灶，痴等老板娘回来。几乎被世人遗忘的边关客栈，再次因缘际会地风起云涌：神秘剑客胡中玉的容貌，为何与雨化田如此相似？对客栈密道了

故事从锦衣卫大明东厂挖掘古墓开始，大明东厂专权的年代是大明王朝最黑暗的年代，此时民不聊生，社会动荡不安，种种危机并存……　　无忧公主，出身贵胄，父亲为当朝皇叔，母亲乃江南大家闺秀，未受尘事沾染，是冰清玉洁的纯真少女。祥和、平静、幸福的生长环境造就了她天真……

土木之变，双龙夺位，英宗率旧部夺回皇位。代宗太子在贴身公公保护下逃出皇宫却中了锦衣卫指挥使的暗箭。数年后，代宗太子化名穆川水，变身太监入宫图谋复仇。此时英宗病危，当朝太子与裕王夺嫡之争愈演愈烈。穆川水一路算计百出，除掉裕王与当年的锦衣卫指挥使，助儿时玩伴登上皇位。他也如愿坐上了东厂督主之位，一人之下万人之上，似乎离目标又近了一步。然而他提拔的小太监柳传道，竟然得知其真正身份，不仅另立西厂与他分庭抗礼，且向皇上说出他的前朝皇子真身。一时宫中波诡云谲，这皇城之中究竟谁能稳坐江山？

影片讲述了郑荣郑良兄弟二人自小便无父无母受尽欺凌，后来得兵部尚书杨大人收养后，成为锦衣卫。开国大将青玉将军意图举兵叛乱，郑荣奉命尽责，听从安排执行抄杀任务。东厂督主刘青对锦衣卫招摇自大嫉恨在心，利用杨大人挑起方明山与郑氏兄弟之间的矛盾，并利用青玉案中方明山假公济私铲除异己的罪行来铲除锦衣卫在朝堂的势力。郑荣因被设计陷害而错杀义父，陷入无尽的自责。最终查明真相，作证人扳倒方明山。郑良搞清楚真相，于是在郑荣被押解去边疆的途中，偷袭劫囚，解救郑荣，两人联手与东厂殊死一搏铲除刘青。

一夜前朝国师陵墓被盗，丢失墓中珍宝飞鸢珠，奉命镇守陵墓的锦衣卫天城玩忽职守被治罪，危难之际他向千户大人请求戴罪立功，三日之内必将宝物寻回否则甘受惩罚。天城探查宝物踪迹结识摘星楼花魁，二人几次交锋后天城隐约感觉飞鸢珠的丢失与摘星楼有千丝万缕的关系，但摘星楼与东厂宦官势力有错综复杂的联系，一时间天城对摘星楼束手无策。与此同时六扇门捕头探查城中少女失踪案与天城的飞鸢珠被盗案线索汇聚到了一起，俩人最终判定两起案件都与东厂势力相关。天城和六扇门捕头奉命缉拿督主一场恶战，无奈对方武功高强危难之际花魁挺身而出与督主同归

明朝末年，东厂的宦官们一度权倾朝野，但是公道自在人心，随着越来越多的人团结反抗，宦官当权的局面逐渐走到了尽头。实时朝廷内斗，太子在六扇门捕神的照顾下躲避，下落不明。东厂势力大肆追捕，势要抓住太子，以夺回对朝廷的控制权。距离京城两百公里外的清河府，最近突发命案，清河府捕头冷霖被杀，死相离奇，现场除了一张诡异的怪兽图画，并无其他线索。由于死法甚是奇特恐怖，被人编成旱魃的故事相传，闹的满城惶恐。有一青年少侠冷洛锋，对于旱魃杀人的案件查的比捕快还要用心。冷洛锋是铃兰书院的学生，铃兰书院是专门为朝廷输送文武人才的学