哥谭第二季延续了第一季的剧情，讲述了DC漫画中罪恶都市哥谭市的早期情况，第二季名为反派的崛起，其中讲述了各大DC反派和英雄的发展史，包括小丑早期的故事，艾德华·尼格玛（谜语人）开始步入歧途，企鹅人开始掌控哥谭，蝙蝠侠，猫女，毒藤女，稻草人等人幼年时期成长的故事。本季引入漫画反派“飞虎女”和她的哥哥Theo·Galva——拥有亿万资产的实业家，自诩为哥谭的救世主，组织了阿卡姆疯人院首次越狱，包括芭芭拉，小丑等人，并利用他们组织犯罪活动。

在黑恶势力盛行的哥谭镇，普通公民因为制度的不公加入黑暗方的阵营，戈登不得不面对前所未有的困难，但偶尔他也会冲昏头脑，干出些平时他不太可能做的事情来，但最后戈登还是坚守住了底线，作为好警察守护着哥谭市。