为追踪四名血继限界继承者的下落，小樱、漩涡鸣人、卡卡西和佐井奉命前往目标可能出现的区域。但在岩隐村和草隐村交界的须弥山附近失去目标，鸣人和佐井也身受重伤。在此之后，自称卑留呼的前木叶村忍者单方面宣战，他之前因修习鬼芽罗术而被逐出木叶，而今他企图集齐五个血继限界成为不死的完美忍者，进而发起第四次忍界大战。在此危急时刻，卡卡西感受到来自卑留呼的召唤，随即陷入危机、下落不明。失去了最重要的导师，鸣人、木叶村乃至忍者诸国面临前所未有的挑战……

某日，一群使用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。据纲手所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西等人则负责侦查空之团的老巢，漩涡鸣人、春野樱、日向雏田受命组成三人医疗小队，协助名医神农前往其徒弟的家乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成，他命宇智波佐助前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片为《火影忍者》第五部剧场版动画。