讲述了忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，他们本都是默默守护正义的使者。然而在铲除罪恶的过程中蝙蝠侠和忍者神龟产生了误解，经过一系列打斗后，解除彼此的误解，共同作战，守护城市的和平以及人们的安全。

城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 饰）并肩作战打击恶徒。

城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗基罗与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔、韦恩·芬威克，及面具义警凯西·琼斯并肩作战打击恶徒。在史莱德逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。

故事开始于1930年的奥地利，犹太富翁维克多（莫里兹·布雷多 Moritz Bleibtreu 饰）同女友莲娜（乌苏拉·斯特劳斯 Ursula Strauss 饰）精心经营着他们的画廊，生意红火，鲁迪（乔治·弗里德里希 Georg Friedrich 饰），一个如假包换的雅利安人，是他们两人共同的朋友，彼此之间感情十分要好。维克多收藏了一幅米开朗基罗的画作，没想到，这珍贵的画作成为了三人命运的转折点。战争爆发了，犹太人成为了纳粹屠杀的对象。维克多被投入了集中营，他所收藏的画作被如今已是那村军官的鲁迪没收了

影片讲述纳粹德军侵略欧洲时，借机掠夺大量珍贵的艺术品，其中包括米开朗基罗、达芬奇等很多伟大艺术家的珍品，一群历史学家、博物馆人员冒着生命危险，与纳粹军周旋，保护并夺回了大量珍贵的艺术品。在这个由11个人组成的艺术品拯救小队中，有纽约芭蕾舞团创始人林肯·克斯汀，哈佛弗格美术馆工作人员乔治·斯考特，还有大都会博物馆的詹姆斯·洛米尔等人。