近未来，人类的各种器官均可实现移植，一时间机器人、生化人、仿生人充斥世间，与人类真假莫辨。某座繁华都市的大厦内，汉卡公司高管正与非洲来宾洽谈业务，突然宴会变成血腥大屠杀，暴走的机器人大开杀戒。隶属公安九课的米拉·基里安少佐带领巴特等手下赶往现场，平息事态。根据对暴走艺伎机器人的调查发现，被称作“久世”的神秘之人策划了这一系列的行动，而且他的目标全部指向了掌握着生化前沿尖端科技的汉卡公司及其研发人员...

在不久的將來，有一個住院的少年〈小鈴（スズ）〉，他是一個植入了小倉涼的性格素子的擁有性格脾氣的精密機器人。性格素子，是一種人類的記憶載體，一旦從人類身上取出，植入性格素子機器人的體內，這種機器人，就會擁有記憶所有者的性格脾氣。涼死了以後，作為涼的替身，小鈴被涼的父母製造出來，現在，他正在不斷地整理自己的記憶，以求真正成為涼的替身。有一天，小鈴遇見了一個住在一個舊病房的，名叫清水畔＜清水ほとり＞的女孩。女孩在得知小鈴的身份後，說道：「與我正相反。」阿畔是因為生病而喪失記憶，不久將會死去。於是「擁不該有的記憶

2045 年，世界陷入系统性的“持续战争”中，然而公众仍未意识到人类的存亡可能掌握在 AI 手里。在神秘的“新人类”出现后，全身义体化的少校草薙素子所在的公安九课作为雇佣兵登场。由于超级大国都试图把控局面，公安九课因此进行了重组。