致碧蓝航线以祝福——“碧蓝航线”的少女们，击溃了自外界入侵的神秘之敌“塞壬”的强烈攻势。然而，斗争世世代代都未曾改变。就如同人类曾经夺取海洋霸权一般，由于理念上的差异“碧蓝航线”与“赤色中轴”成为对立阵营。之後，时光流逝——

这一次，绝不打仗，就讲讲母港的故事——。这里是被冠以舰船之名的少女们所居住的，完全不同的世界。在各种组织们相互协助建造的学园之内，少女们愉快的共同生活即将开始！

漫画师米小小，在一次高烧下，进入了双重梦境。第一层梦境中，她走入了自己的漫画作品《九州妖事录》，与神羽心、姬伶烟、啸天、墨姚等人为了拯救九灵妖界，与反派们争夺着上古神器，抵抗双月浩劫的到来。第二层梦境中，书里的人物来到了米小小的身边，试图改变漫画剧情。身为作者，米小小拥有“上帝之手”，一次次穿越在两个次元，双重梦境之中，她试图找出BUG，找出反派是谁，拯救漫画中的人物。然而，进入漫画的她，却一次次又被“蝴蝶效应”所影响，无力改变命运。