在一艘外星飞船摧毁华盛顿特区后，一个小镇的居民必须击退一队外星士兵，以寻找美国总统和他携带的神秘装置，因为他的逃生直升机坠毁在附近

黄飞鸿（赵文卓 饰）夺得狮王争霸金牌后飘然而去，一时间广东会馆高朋云集纷纷做贺，八旗将军府副都统阿兰成都（陈继铭 饰）大人登门拜访，原来八国联军欲使用各自的巨型赛狮挑战清廷，为维护国体，黄飞鸿决定出战与阿兰将军共赴国难。梁宽（莫少聪 饰）再度惹下事端被黄飞鸿驱逐，无奈只得与鬼脚七（熊欣欣 饰）等找到在北京办报的十四姨（王静莹 饰）求助，黄飞鸿亦赶到报馆，却与十四姨卷入了红灯照在租界内屠杀洋人的事端，黄飞鸿出手救人，与红灯照大师姐苗三娘（王菁华 饰）一同被德国兵士关押拷打。越狱而出的黄飞鸿从红灯照手中救出了

故事以游戏为基础，是前作D.C.53年之后的故事。故事中两位女主角朝仓音姬和朝仓由梦是前作主角的孙女，但动画以女主角之一的月岛小恋与主角交往为开头，以游戏剧情的天枷美夏路线为结尾。