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公元2000年8月，葛城考察队到达南极，发现了地下空洞中的巨大人形生命体Adam以及隆基努斯之枪。葛城计划进行人类基因与Adam融合的接触实验，但不幸因此唤醒了沉睡中的Adam，葛成调查队拼死使用隆基努斯之枪再度封印Adam，但结果失败，最终，葛成调查队人为使Adam的S^2机关暴走（因为葛成调查队全灭，所以详细不明），总算避免了完全的败局——也就是A.T力场（A.T.Field）的消失（全部生命重新开始），以及由亚当诞生的生命架构的重新构筑。因为此事，亚当成为了零碎的肉片。

生活奢侈、懒散贪玩的新生代日本少女鸟山雪菜（土屋太凤 饰），经过一年的复读雪菜考上了雄飞工业大学。刚刚入学，雪菜邂逅了英俊的前辈高桥圭（高杉真宙 饰），之后在对方的邀请下加入了人力飞行兴趣小组。这个怪怪的小组有将近一百名成员，大家随后聚集到琵琶湖湖畔，为即将到来的夏季大会展开集训…