怪兽在一个工业园里大量出现！弦人队长率领特怪对分队迎击怪兽，但它们还是接二连三地冒出来。发生怪兽灾害的工业园或许和专门处理怪兽残骸的企业内克洛马斯之间存在某种特殊的关系，特怪对分队立马找到了内克洛马斯的CEO真伏博士。内克洛马斯的研究所现在正在研究的东西叫做“达姆多可辛”，这种东西触及到了生命的根源，可以实现生物的长生不死，研发马上就要完成了。就在这时，自称宇宙霸主的达姆诺星人突然出现在众人面前。“达姆多可辛”的储藏柜也同时遭到破坏，这东西将研究所里的怪兽样本全部吸收，变成了恐怖的怪兽“妖骸魔兽贡基尔刚”

弘子（藤谷文子 饰）和怀揣导演梦想的男友阿明（加濑亮 饰）来到大都会东京，手头拮据的他们只得暂住在弘子好友清水朱美（伊藤步 饰）的公寓中。为了生计，两人四处寻找工作和住处，却一路坎坷。阿明的作品终于在一家小影院上映，望着男友喜悦的样子，弘子愈发感到自己的一无是处，就像一把被人丢弃的椅子一样…

某个工业区陆陆续续出现怪兽？！弦人队长率领SKaRD进行迎击，打倒了接二连三出现的怪兽。SKaRD认为此事与正在进行怪兽残骸处理和研究的化学企业「尼克罗玛斯公司」有某种关系，SKaRD便找到该公司的最高运营者、同时也是世界首屈一指的化学家的马布塞博士进行调查。尼克罗玛斯公司的研究所正在开发能够实现长生不老的物质「达姆特辛」，据说即将完成。在这样的情况下，突然出现了自称「宇宙霸者」的神秘宇宙人「达姆诺星人」！并且，从被破坏的容器中泄露出来的达姆特辛物质吞噬了研究所的怪兽样本，诞生了可怕的巨大怪兽——妖骸魔兽

在远离大都会的小山村，住着巫女世家出身的高中女孩宫水三叶（上白石萌音 配音）。校园和家庭的原因本就让她充满烦恼，而近一段时间发生的奇怪事件，又让三叶摸不清头脑。不知从何时起，三叶在梦中就会变成一个住在东京的高中男孩。那里有陌生的同学和朋友，有亲切的前辈和繁华的街道，一切都是如此诱人而真实。另一方面，住在东京的高中男孩立花泷（神木隆之介 配音）则总在梦里来到陌生的小山村，以女孩子的身份过着全新的生活。许是受那颗神秘彗星的影响，立花和三叶在梦中交换了身份。他们以他者的角度体验着对方的人生，这期间有愤怒、有欢笑