城郊命案发生，四大名捕前往现场缉凶，不料引出十五年前杀害无情全家之惨案，名捕们顺藤摸瓜，牵出各种隐情，个人恩怨与天下苍生之间，名捕们该如何抉择？又怎料血战之后，更大的风暴紧接而来。

明万历年间，朝廷授命世代簪缨的慕容家组建一个处理江湖和庙堂之间事宜的组织，该组织广纳身怀绝技的武林高手，其中不乏少林、武当等豪门，又因为组织所在的衙门东、南、西三面各有两扇门，共计六扇门，被人们称为“六扇门”。本片以少年越飞、吕青锋、霍锦烟、陈思瑶四位少年成长和行侠仗义两条主线交织糅合,讲述了四位少年初长成,再入江湖,经历了战火的洗礼，明白了国家兴亡、匹夫有责的道理，身为练武之人要为国为民出力，抵抗倭寇，四人正式加入六扇门，开始了自己的一段全新的生活。而江湖中的风波却愈演愈烈，一场惊天动地的阴谋此时才缓缓

金陵大牢被江湖神秘杀手闯入，死者竟只是一个矿工，六扇门受朝廷指令赶赴金陵大牢查探此案，本以为六扇门会派出一等一的捕快前去侦破，不料迎来的却是四位初出茅庐的女捕快，四人虽年纪轻轻，却个个身怀绝技。四人查到杀人案和金陵银矿有关，恐怕有人中饱私囊被发现才杀人，当查到最大帮派九龙也牵扯此事时，几人找到矿监陈增长，却不料和县令左衡之一样，惨遭毒手被人暗杀，带领四人的大师兄沐长风也在回京途中被人袭击身受重伤昏迷不醒，而此时，四人发现县令之子左靖的师父萧天南可能和陈增长勾结私吞银矿并杀人灭口，在失去大师兄的庇护之下，四

包十三是包氏后人，几年游历归家发现村中无人，只有军队驻守，离奇的是只有大小姐一人独活。

京城名捕潘天柱矮小精干断案如神，“五尺神探”的美名远扬。然而临近退休的他快十年无案可破，闹剧频出，总捕头不愿再留他在六扇门惹是生非，贬他去雾镇当捕头。初来乍到的潘天柱便察觉到这表面祥和的小镇实则怪异得很，李有钱、王寡妇、王讼师等人相继惨死，更是坐实了他的猜测。一心想进六扇门当差的吴所谓借机拜潘天柱为师，师徒二人在让人啼笑皆非的授业日常中不断接近真相，竟牵扯出一桩二十年前的离奇大案……