隐藏在每天交替时刻的狭缝中的时间，“影时间”。每当影时间来临，世界便停止运转，人们化为静立的棺木。之后，异形的怪物“Shadow”便现身破坏。能够与之对抗的，只有能够使用“Persona”这种特殊能力的人类。转学到私立月光馆学园的少年结城理觉醒了Persona的力量，之后被前辈桐条美鹤邀请加入“特別课外活动部”。在那里聚集的，都是同样拥有力量的Persona使用者。他们为了各自的目的追寻着影时间的真相，并与难以想像的命运展开了对峙ーー。

年轻的警察局长Ryo Kanzato正在追踪一种具有超自然力量的神秘力量。高中生死亡;还有一些人在这种奇怪的攻击中幸存下来，但却患上了“冷漠综合症”。“现在，他和他分居的弟弟申和军的额外负担，必须找到这些攻击和由一种叫做“影子提取”的危险青少年时尚所释放的角色之间的联系。