聂离以为银翼世家家主制药为由，带着司空易的亲信离开领地。领地外，聂离和段剑联手制服了他们后，回到银翼世家领地引爆炎爆铭文，被监禁的伙伴们和奴隶借机逃离。银翼世家受到重创，聂离一行人顺利回到光辉之城。

故事发生在大断电30年后。复制人K是新一代的银翼杀手，在如今的世界里，人类和复制人之间的界限划分的更加明确，复制人从刚一制造出来就被灌输了服务于人类的思想，绝对不被允许产生人类的感情。某日，一具女性复制人的遗骨被挖掘了出来，令陆军中尉乔伊感到震惊的是，这名女性复制人生前不仅怀过孕，还将孩子生了下来，这个孩子的存在将会彻底破坏政府苦心经营的规则和秩序。乔伊命令K找出这个孩子，并将他杀死。在一间废弃的农场里，K发现了一些线索，然而，这些线索竟然和他被植入的过去的记忆有着千丝万缕的关联。与此同时，复制人尼安德和

天使文明是主生物文明最古老的文明之一，20000年前基兰来到天使文明，并创立了超神学院。17000年前，凯莎执政天使文明，并与大天使凉冰产生意识形态分歧，并将超神学院逐出天使之城，14000年前，凉冰率恶魔与天使展开第一次战争。而我们的故事，将从7000多年前的督刃帝国开始讲起。

一个女人来到小五郎处，请其帮助看守宝石。这女人名叫牧树里，是代表着日本的女演员。她收到预告称有人将会去夺取她所拥有的宝石“命运的宝石”，而预告者正是怪盗基德。小五郎断言：基德将会在树里担任主角的传统话剧的公演最后一天前来盗宝。于是第二天，柯南，小五郎，小兰还有少年侦探团一起前往传统话剧公演的东京汐留。柯南对小五郎的推理充满疑问，于是自己推理基德的出现。然而，在那里出现的竟是工藤新一！