混沌初开之时，世上的第一只妖降世，名元蒂，被奉为妖祖。千百万年后，昔日妖王孙悟空被唐僧从五行山下救出，孙悟空答应保护唐僧，前往西天取经。而传说中的妖祖元蒂再次现世，三界岌岌可危。两代妖王注定终极一战，但这次，孙悟空遇上了真正的劲敌。

主人公穿越时间隧道，来到千年之前大唐时代，与《西游记》故事中的唐僧师徒相遇。影片紧紧围绕魔鬼芯片和天使芯片展开故事。片中，绿孩儿，唐僧师徒，红孩儿及牛魔王、白骨精等人沾上魔鬼芯片或天使芯片后发生了种种变化，展现善与恶的较量。

普通大学生云雪瑶再一次机缘巧合之下，被赏金猎人的头目唐僧发现其身上的特殊能力。为一解迷惑，唐僧为了掩藏身份，成了云雪瑶班上的代课老师。就在唐僧一步一步接近真相的时候，云雪瑶也同时发现了代课老师身上隐藏的秘密。一段牵扯人魔神的千年纠葛，一场维护六界和平的追逐之战，正在秘密展开，只是当结局来临时，毁灭世界的源头是因为爱，无法非黑即白的人性试炼，也同样考验着每一个人，每一位神。何处安放，何去何从，一切在疑云密布的追寻中，一点一点的摊放在眼前......

东胜神洲花果山顶一仙石迸裂，化出一石猴，尊为美猴王。美猴王为寻长生不老之方，拜菩提祖师为师，得名孙悟空，又至龙宫取如意金箍棒，自称齐天大圣。他大闹天宫，搅乱蟠桃会、打翻炼丹炉炼就火眼金睛，后被如来佛祖压在五行山下。五百年后，唐僧路经五行山，揭起如来的压帖，救出悟空，为他取名孙行者；不久后又收了白龙马、猪八戒和沙悟净为徒，自此，师徒四人同行，一路往西天取经。师徒途径五庄观，因为孙悟空偷吃人参果、捣毁人参树，连累唐僧被困，幸得菩提祖师托梦指点，孙悟空找来观音菩萨救活人参果树，才解了困局。不想到了白虎岭，因误会

唐僧师徒四人取经途中经过被称之为女儿国的西梁女国，唐僧婉拒了女王的招赘之意，却不曾想被蝎子精掳走。孙悟空、猪八戒、沙僧三人制服了蝎子精救出师父后继续踏上西行之路。