在纽约市一条大街的地下管道里住着四只功夫高强的忍者神龟和他们的老师斯普林特——一只来自日本的超级大老鼠。神龟们各个骁勇善战，身怀绝技，为了维护正义，保卫城市家园，他们同狡猾的巴克斯特·斯多克曼博士、紫龙帮的坏蛋以及一伙神秘且训练有素的忍者（史莱德的部下）展开殊死搏斗……

成功商人托马斯的妻子突然去世，伤心之余，他被迫踏上了去寻找女儿妮可的旅程。在斯里兰卡这个贫穷的国家里，他的所见所闻让他震惊，由最初对女儿行为的不理解，逐渐转变到支持女儿的决定，甚至接受女儿想要当修女的想法。幸好安娜修女及时阻止。妮可最终决定跟父亲回国，完成学业，当了一名出色的医生。而托马斯也开始收养孤儿，不断资助安娜修女她们的公益事业。