在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，他用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此同时，在大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，部下则以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国

男孩托马斯在电梯中醒来，奇怪的是他除了名字之外什么都记不得。当电梯打开，他来到了一个陌生的地方“林间空地”。这里四周被高大的石头墙包围着，墙内住着许多男孩，有纽特、查克、米诺等人，他们都被困在迷宫里，而墙外还有一群巨大的怪兽威胁着。一天，电梯为他们送来了一个女孩特雷莎，她是来这里的第一个女孩。此后，迷宫逐渐开始发生变化，一切都陷入了混乱中，托马斯和特雷莎决定一起走上破解迷宫之路，找出迷宫背后令人不寒而栗的秘密。

托马斯、米诺一行人被带到一座神秘的庇护所，这个机构由表里不一的詹森所管理，詹森为他们提供安稳且舒适的环境，并下令让幽地斗士们在医疗实验室中接受一连串的测试，詹森向托马斯保证将会把他们送到更加安全的保护区与其他对“闪焰症病毒”免疫的年轻人一同居住。察觉事有蹊跷的托马斯决定再次带领他的伙伴们逃出詹森的掌控，然而等待他们的，却是比迷宫更加危险的焦土。影片改编自詹姆斯·达什纳撰写的同名反乌托邦科幻小说三部曲的第二部。

《移动迷宫3》作为系列最终章，沿袭系列一贯以来的劲爆动作戏和快节奏跑酷风，主要讲述迪伦·奥布莱恩饰演的托马斯率领的好莱坞“跑男团”在经历了迷宫逃脱和末日丧尸的生死考验后，终于迎来最后的正邪较量。

桃木彻底从伤痛里走了出来，领悟出了女生要善待自己，从头开始打造自己成为美女。众人看到变身后的桃木眼前一亮。青龙，唐郎之外，桃木又创造出了仙鹤和夜猫，桃木周旋在他们之间。另一边烈却心事丛丛，桃木和烈畅谈，烈告诉桃木爱上了一个不该爱的人，桃木却觉得爱了就是爱了，应该勇敢面对自己的爱情。

托马斯（迪伦·奥布莱恩饰）率领的林间斗士在经历了迷宫逃脱和末日丧尸的生死考验后，终于迎来最后的正邪较量。由托马斯、纽特（托马斯·桑斯特饰）等人领军的营救团队，耗时三年筹划营救被抓走的米诺，却意外地发现米诺不在劫获的那截火车上。经调查得知，米诺深陷在WCKD组织的控制之中，托马斯和纽特毅然决定起身前往被称为“最后之都”的人类最后净土，更不惜利用背叛林间斗士投身WCKD的特蕾莎（卡雅·斯考达里奥饰）闯入WCKD，营救米诺和其他人。